San Giovanni Battista è stata edificata per ordine del vescovo di Luni Antonio Fieschi nel 1340, come è riportato sulla lapide posta sul fianco destro della chiesa, dai Magistri Antelami, gruppo di costruttori migranti lombardi a cui si deve quasi tutta l’archittettura romanica genovese. Nel 1870 l’aspetto esterno della chiesa cambiò radicalmente, in quanto la facciata, che era soggetta a crolli, venne riedificata completamente in stile neogotico.
All’interno la chiesa presenta una pianta basilicale, cioè rettangolare, con tre navate suddivise da alti archi a ogiva, inoltre durante la ristrutturazione è stato recuperato il rosone traforato di pregevole fattura. Sul fianco destro sono presenti due porte in stile gotico, uno dei pochi elementi, insieme alle monofore, risalenti alla vecchia costruzione forse anteriore anche a quella del 1340.
La chiesa è caratterizzata anche da diverse opere d’arte: una tela di Fiasella raffigurante la predicazione di San Giovanni Battista nel deserto e un crocifisso a grandezza naturale attribuito ad Antonio Maria Maragliano.
Testimonianze importanti di scultura rinascimentale sono rappresentate da tre bassorilievi presenti nella chiesa: uno rappresenta la Madre con il Bambino e i Santi Giovanni Battista e Francesco, un altro San Martino mentre dona il mantello; il terzo, posizionato non sull’altare ma sul portale d’ingresso della sacrestia, è un bassorilievo a trittico, cioè formato da tre parti: raffigura la Vergine con i Santi Giovanni Battista e Domenico.